半導體專用顯微鏡的原理主要基于光學和電子顯微鏡的原理。主要利用聚焦光束之間的衍射、反射和散射等光學效應，通過觀察探測光束的強度、波長和偏振等特性，反映出被研究材料的微觀結構和性質。同時，某些半導體顯微鏡還具有元素分析的能力，如能譜分析和能譜成像。
一般來說，半導體顯微鏡可以分為光學顯微鏡和電子顯微鏡兩類。光學顯微鏡通常使用白光、激光等光源產生的光束來照射樣品表面，而電子顯微鏡則利用了高能電子束代替光束，并通過聚焦和干涉處理來提高其分辨率和靈敏度。
半導體專用顯微鏡的校準：
1.將一半導體顯微鏡物鏡安裝好，將0.01mm標準測微尺放在工作臺上并壓緊。
2.旋轉調焦旋鈕，將焦點調整在測微尺的中間，視場中心成像清晰。此時將千分表測頭與工作臺表面相接觸并對好表的零位。
3.再次旋轉調焦旋轉，把焦點調整到測微尺的邊緣，使視場邊緣成像清晰。半導體顯微鏡觀察千分表，其最大偏移量即為該物鏡的場曲誤差。
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